Если в документа расхода есть только пирожки (нет блюд которые производятся на складе №2 и соответственно требуют раскрутки), то можно при списании не ставить галку комплектовать и р/н спишет сразу готовые пирожки

Другой вариант это в карточках блюда Пирожок (Словари-Товары-Товары) убрать галку "комплект необходим".
Тогда при формировании д/р для этих блюд комплект не проставится и при списании они раскручиваться не будут
У этого вариант есть минус, т.к. при создании комплектации (когда вы передаете со склада1 на склад2 вы же комплекутете, верно?). Так вот, в этом документе при вводе номенклатыру колонка комплект так же не будет заполняться. Но там ее можно проставить просто даблкликом в поле.

Ну и третий вариант: в справочниках ничего не менять, после импорта д/р в нем руками у пирожков очищаем значения в колонке комплект. Сохраняем. Списываем.