Бяка скорее всего не в самой БД а где то в товародвижении.
Самый простой вариант:
1. В настройках поставить галку "Хранить себестоимость закрытого периода"
2. Закрыть период по сегодня
3. Проверить скорость работы.
Если все будет норм и база начнет нормально дышать то дальше уже можно искать проблему с конкретным товаром/документом.