Если была подтверждена в ЕГАИС до удаления - по сути никаких, кроме невозможности в дальнейшем сделать возврат по ней.
Ну и если алкодекларацию через хаус сдаете - проверьте, что корректно в накладной указаны коды производителей/импортеров в каждой строке.