Не совсем понятен вопрос.
У вас 2 Юр лица (ООО + ООО или ООО + ИП)?

На одном алкоголь (Бар) на другом все остальное. Так?

Можно подключить 2 ФР. Заказ и предчек будет общий а чеки будут делиться. Деление проходит по классификации. Условно так:
Алкоголь - ФР1
Все остальное - ФР2