Действительно, проблема была на стороне ЕГАИС, вроде поправили, заработало.
Но повторный запрос накладных в sh4decl так и не работает (запрос по id в порядке).

Для ознакомления официальный ответ на запрос от ТП:
Рекомендуем сформировать запрос сейчас, повторно, согласно п. "2.9. Запрос необработанных ТТН" технической документации по работе с УТМ. Актуальную версию технической документации УТМ Вы можете скачать в личном кабинете egais.ru во вкладке "Транспортный модуль".
В случае, если накладная уже находится в базе УТМ, необходимо удалить саму накладную и файл со справками form2regid для успешного перезапроса накладной через сервис переотправки документов на сайте egais.ru
Методы удаления описаны в тех. документации по работе с УТМ, на странице 6.
После получения ТТН дождаться загрузки справок и тикетов по ним.
По вопросам загрузки ТТН в учетную систему рекомендуем обратиться к ее разработчикам, поставщикам.
Проверить получение накладной Вы можете проанализировав логи УТМ (..\UTM\transporter\l\transport_info.log).