Неужели MIDSERVER на кассе не может отдельно работать и запускаться самостоятельно не завися от REFSERVER?
Может.

Можно ли как-то реализовать независимую автономную работу кассовых серверов чтобы они от внешних факторов так сказать не зависели и работали сами по себе?
Вообще, по умолчанию так и есть. Я предполагаю, что ваши проблемы были связаны с тем, что рефсервер был в сети, но тупил. Поэтому касса его видела, пыталась получить данные, ждала, но безрезультатно. Я думаю, если бы просто выключить реф, то мид запустился бы без проблем.