1) Настройки - параметры - использование опций - печатные документы - учет предоплат. Здесь выбираете, нужно ли печатать фискальный чек при приеме предоплаты, или же киперный чек, а фискальный потом на всю сумму после закрытия заказа.
2) Также стоит завести причину внесения денег с пометкой Предоплата. Через Деньги - Причины внесения/выдачи денег. Но там попросит указать нераспределяемую наценку, которую надо завести заранее. В руководстве пользователя можно подробнее посмотреть.

Теперь по вопросам:
1) Доп валюту создавать не нужно
2) Можно и на обычных, но только на банкетных можно сделать предоплату не в день заказа
3) Когда официант будет пробивать блюда в заказ с предоплатой, скажем, 5000 р, сумма заказа будет отрицательной и стремиться к нулю с каждым пробитым блюдом, т.е. -4500, -4000 и т.д. Соответственно, при приближении к нулю официант поймет что надо предупреждать гостя о доплате.