У Вас версия 4.99?
Предполагаю, правой кнопкой мыши в списке товаров в накладной - поставить галку "Автоматический расчет цены".
Ух, у меня только 4.99 под рукой, но вроде раньше такого не было. Теперь можно излишки выше нуля ставить автоматически по нулевой цене. Круто, это лишает последнего аргумента тех, кто пользовался приходом по нулевой цене (хотя этот аргумент и раньше был слаб, ибо в дизайнере отчетов можно было все учесть).