Ни разу не видел чтобы в письмах от фсрар было указано на ошибку в лицензии контрагента. Они пишут только про несовпадение объемов. А вот если завести несколько контрагентов с одинаковыми инн и кпп, программа скорее всего будет выдавать ошибку при проверке заполнения реквизитов.