Вы так далеки от бухгалтерии, что ппц.. Путаете теплое с мягким. Итак для справки. Есть ОСН (общая система налогообложения) и УСН (упрощенная). А есть налог НДС.
Первые платят разницу в ндс между покупкой и продажей + налог на прибыль, а вторые просто с оборота 6% (ну или сколько там у вас) и не заморачиваются с НДС вообще. Предполагаю, что у вас тоже самое, что и у нас.
Вторым абсолютно гарантированно ничего выделять в чеках не нужно, собственно как и первым, т.к. выделение налога в розничных продажах не обязательно, что прямо сказано в НК. Предположительно и у вас тоже
Ну и мегавопрос №2, а у вас что, можно чтоб ФР одновременно был зарегистрирован на организацию и чп? К чему весь сырбор-то вообще? Какие задачи стоят?