Есть подозрение что кривой драйвер pci платы просто не успевает инициализироваться. Проверить можно таймером. Интересна модель контроллера.

Про Линух в целом: для небольших сетей со своим штатом саппорта это наилучшее решение с точки зрения цена / стоимость владения. Хотя конечно надо вдумчиво считать последнее.