Ну и в чем проблема?

Когда вы в 1С стартуете обработку с выгрузкой первое что у вас происходит это коннект к базе SH. К какой зацепитесь - из той и будет качать.

Т.е. запустили 1С ООО №1. При запуске выгрузки подцепились к БД SH №1
запустили 1С ООО №2. При запуске выгрузки подцепились к БД SH №2 и т.д.