В тех товарах, которые списываете, в т.ч. те, которые импортировались из R-Keeper, во вкладке "Списание" выставляете места реализации и склад. Также, выбрав группу, в правой части (где товары) можно изменить свойства всех товаров в группе скопом.
При транспорте из R-Keeper автоматом, конечно, ничего не проставляется.