Угу, хотим украсть, скрывать не хотим, но хотим, чтоб не посадили... Если они сами противоречия не чувствуют, то Вам остается только посочувствовать.
Потому что в случае с одним учетом вариантов мало: либо ведем спецучет, и тогда главбух как хочет, так и проводит (насчет "не могу" - в сад, может, просто это очень гиморно), либо ведем учет и про реальную картину забываем. Ну, остатки единственно будут сходится, но структура расходов будет не видна + результаты инвентур тоже надо будет скрывать. Это гимор Вам. Плюс в этом случае почти наверняка надо будет подделывать калькуляции, что тоже плохо.
Насчет проверки - грамотная проверка вкроет подлог в любом случае, неграмотная - не заметит ничего. Мое мнение - проверка до базы просто не допускается, тут уже дело техники.
В общем, вначале решите взаимоисключающие параграфы.