Сегодня еще раз все взвесил... Посмотрел руководство к SH, а там оказывается авторы описывают три способа избавления от отрицательного остатка:
1. Редактирование комплекта на дату списания
2. Доприходование недостающего количества(предлагаемый мной)
3. Обнуление отрицательного остатка сличительной ведомостью(предлагаемый Вами)
Во втором способе все-таки есть один большой минус(описаный Вами выше)-влияние на себестоимость... Так как приходуют у нас по рублю. Прихожу к выводу что придется использовать все-таки третий способ. Первый вообще считаю неудобным.