Вот ни разу не видел нормально настроенной выгрузки в 1с. Я Вас умоляю: больше будете мучаться с выгрузкой, неужели такие большие объемы данных? Вбейте в 1с ручками нужные проводки одной суммой.
Иначе, чем расходной накладной списывать в SH - это как в гамаке стоя
И кстати говоря, на какой счет идет проводка по какой-либо накладной - это ТОЧНО настраивается в выгрузке. Долбите программистов 1с (выгрузка из SH в 1с - это компонент именно 1с, а не SH), пусть разбираются в конфигурации.
SH какой версии, кстати говоря?