в документе расхода когда становишься на строчку блюда с модификатором в низу высвечивается какие модификаторы и в каком количестве использовались для данного блюда. Кликни по ним мышкой и посмотри вся ли информация для списания в них есть. Возможно не указана группа станций или не тот склад для списания. Обычно такой информации нет при первом импорте расхода по новому блюду, когда сделаешь все привязки далее списания идут автоматически.
А почему нельзя забить отдельно 3 чая с модификатором "с молоком" и отдельно два чая с модификатором "чай чёрный"?