При списании документа расхода к товарам без модификаторов, прикрепляются несуществующие модификаторы. При пересписании документа, данные позиции могут уже не подкрепляться
Решение:
1. Сделать бэкап БД.
2. Выполнить процедуру DelWrongExpM (указав в поле библиотеки обновленную ShFix.dll версии не ниже 4.70.159.0)
3. В логе сервера (SDB.TXT) после выполнения этого запроса должен отобразиться протокол количества удаленных позиций.
Далее, существующие проблемные документы загрузить заново и пересписать.