Я всегда завожу комплекты, даже на штучный товар.
В Вашем случае - однозначно лучше через комплекты.
Впрочем, есть еще механизм ссылок: одно кафе делаете основным и используете в накладных его товар; в других кафе в свойствах товара делаете ссылку на первое.