во-первых вам над определиться. Нельзя безнаказанно с одного склада списывать то так, то эдак. Если Вы списываете п/ф как товар, то программа не должна требовать еще и продукты, которые в эти п/ф входят - если это так, значит, где-то промахнулись и у Вас остались комплекты.
Или надо списывать все только продуктами, тогда у Вас не должно быть на складе готовых п/ф - ни в плюсе, ни в минусе.
Если идти по второму пути то можно не бояться, что "зависнет часть п/ф" - достаточно их остатки загнать в документ декомплектации и получить на выходе опять продукты.
Как лучше - зависит от того, как у Вас организовано реальное движение товара, если расскажете подробнее, возможно смогу посоветовать.