2 рефсервера на одном компе

[olegash]

Какие у меня могут возникнуть сложности?

Да никаких. Только порты не забудьте поменять.

Можно ли два feature сервера быть, чтобы они коннектились к разным базам SQL.

Конечно. Вы же настройки связи с SQL в каждом экземпляре свои прописываете.

Будет ли нормально в редакторах отображаться их отчеты а не другого рефа?

Если правильно настроите, все нормально будет отображаться.
CS можете один использовать.