Порт, который указан в cardserv - это порт самого кардсерва, его не надо трогать.
Настройки подключения в netk.ini - это как настройки подключения к серверу.
Вот только я не помню, к кассовому или рефу.
rkeeper.ini - это настройки кассового сервера. У вас поменялся адрес рефа, поменяли в кассовом сервере.
Для менеджера, кстати настройки в другом инишнике, в rk7man.ini
Опять же, "ПДС не запускается" - речь про кардсерв или про Pcards?