Это не исключает проблему несовместимости оборудования. Оборудование идентично во всех трех точках?
База единая на все точки? Или у каждой точки своя база/сервер?
Вы проверили антивирусы (в т.ч. встроенные на pos'ах)? Проверили что Windows НЕ самообновляется?
Проверили потребляемые ресурсы (процессор/оперативка) на pos'ах и сервере?
Какой размер базы данных на сервере? С какого периода ведется эта база? Месяц? Год? Два года? Пять лет?
Если нет желания всё это проверять, верните версию и конфиг, которые были до проблемы.
Вообще, все партнеры не рекомендуют переходить на 5 версию.