Необходимо сделать архивную копию базы данных (backup), далее прописать в файле SH_CRTDB.INI (находится в директории, откуда запускается сервер Sdbserv.exe) в разделе [Options] следующий параметр (если раздел не существует, создать его):
[Options]
DelDocs=1
Тогда при восстановлении (restore) ранее сохраненного архива, будут удалены ВСЕ документы, без формирования входящих остатков!
ВАЖНО: Не забудьте после операции восстановления вернуть параметр DelDocs в значение 0 (DelDocs=0), иначе каждая процедура восстановления (restore) будет удалять документы!