По вашей ссылке
Схема была осуществлена через подконтрольного предпринимателя «ИП Бочаров П. С.», считают налоговики. По данным ведомства, торговые точки ИП располагались в помещениях, принадлежащих или арендованных «Маном», при этом реализация товаров проходила через единую кассовую линию. Кроме того, установлено, что документация и информационная база индивидуального предпринимателя находились в офисе ООО «МАН»; совпадали и IP-адреса компаний, а сам предприниматель Павел Бочаров, согласно сведениям МИФНС № 2, «с 2003 по 2012 год позиционировал себя сотрудником ООО „МАН“». Поскольку к индивидуальному предпринимателю применялась схема уплаты единого налога на вмененный доход
Подробнее: http://www.kommersant.ru/doc/2655809
Так вот, Бочаров был видимо "подставным" ИП , но не юридическим лицом.
Если вдруг кто не знает - ИП - физлицо..
А мы все же говорим про два ООО.