Надо.
Логика тут другая.
У поставщика и в ЕГАИС товар учитывается не только в разрезе номенклатуры, но и в разрезе тары.
Т.е. "Водка 5 Озер 0,5 л" и "Водка 5 Озер 0,7 л" будут иметь разные коды ЕГАИС.

Поставщик отписывает вам
"Водка 5 Озер 0,7 л" (код ЕГАИС 123456789). Вы у себя сопоставляете этой позиции свою карточку товара из SH ("5 Озер Водка") + единицу измерения 0,7 л.
Для позиции "Водка 5 Озер 0,5 л" (код ЕГАИС 987654321). Вы у себя сопоставляете этой позиции свою карточку товара из SH (ту же самую "5 Озер Водка") + единицу измерения 0,5 л.

В дальнейшем, когда поставщик отпишет вам:
код ЕГАИС 123456789 - 5 шт
код ЕГАИС 987654321 - 3 шт

SH автоматом создаст накладную:
"5 Озер Водка" - 0,7л - 5 шт
"5 Озер Водка" - 0,5л - 3 шт