В ЕГАИС вбивать ничего не надо. Из ЕГАИС в пользовательскую программу (1С, SH или др.), через транспортный модуль будут поступать товарно-транспортные накладные (ТТН) с указанием наименования и кол-во товара. Вот по этим ТТН нужно сверить фактическое кол-во поставленного алкоголя и подтвердить (либо не подтвердить) путем отправки в ЕГАИС формализованного протокола. ЕГАИС с декларированием, по крайней мере для розничника, никак не связан. Поэтому дополнительной нагрузки для калькулятора установка 1С не принесет (ведь не калькулятор же занимается приемом товара? следовательно и не должен подтверждать его получение).
А вот если бухгалтерия расположена вне помещения торговой точки, то установка 1С наоборот очень даже актуальна, т.к. компьютер с программой, связываемой с ЕГАИС, должен располагаться по адресу, указанному в лицензии.