Разница в том, что в том же SH вы можете один раз настроить связку номенклатуры ЕГАИС с номенклатурой SH, и накладные на алкоголь потом будете вводить практически автоматом (получается аналог электронного документооборота). А если будете пользоваться виртуальным складом или каким-нибудь волшебным и дешевым онлайн-сервисом, то поступление алкоголя по-прежнему будете вводить вручную. При этом для формирования Журнала придется отдельно выяснять коды видов алкогольной продукции и наименования из сопроводительных документов. Получается лишняя, если не двойная работа.
Это сказал, тот кто надо сказал
Подробности, например, здесь:
https://www.youtube.com/watch?v=inbu8MZQU4Q